El pronóstico a largo plazo de la alergia a alimentos en la infancia es especialmente favorable y sólo un porcentaje reducido de los pacientes sigue sensibilizado en la edad adulta. Este buen pronóstico es más evidente en los casos de alergia a proteínas de leche de vaca y en menor medida al huevo. El niño ya diagnosticado debe ser revisado periódicamente para valorar en qué momento se puede plantear, con cada alimento, un test de tolerancia oral bajo la supervisión del alergólogo.
La situación es totalmente opuesta cuando el paciente se sensibiliza en la adolescencia o en la edad adulta. Los alimentos más frecuentemente implicados son frutas, frutos secos, huevo, pescado y marisco. La sensibilización es persistente y se suele asociar por reactividad cruzada a otros problemas alérgicos.